La gara di Aragón ha decretato il nome del campione del mondo 2016: Brad Binder. Il pilota sudafricano è stato protagonista per tutta la durata della corsa del gruppo di testa e ha tagliato il traguardo in seconda posizione, laureandosi così campione di categoria.
Jorge Navarro torna a vincere dopo un periodo difficile e lo fa nella gara di casa, davanti al proprio pubblico. Terza posizione per Enea Bastianini, in lotta sino alla fine per la vittoria così come il team mate Fabio Di Giannantonio, quarto classificato. Nelle fasi finali della corsa è stato il quartetto di testa a fare la differenza, mentre nelle battute iniziali (sino a tre quarti della gara) erano molti di più i piloti in lotta per le posizioni di maggior rilievo. La quinta piazza spetta a Joan Mir, che riesce ad avere la meglio sul connazionale Jorge Martín. Un altro pilota di casa, Aron Canet, occupa le settima posizione, mentre alle sua spalle troviamo Gabriel Rodrigo, Juanfran Guevara, Philipp Oettl, protagonista insieme ai piloti di testa nella prima fase della corsa. Andrea Migno è undicesimo, ma guadagnano qualche punto iridato anche Fabio Quartararo, John McPhee, Niccolò Antonelli (uno dei piloti penalizzati a seguito delle qualifiche di ieri, e quindi arretrato nella griglia di partenza), e Bo Bendsneyder.
Gli italiani più attardati in classifica sono Francesco Bagnaia, sedicesimo, Andrea Locatelli, diciassettesimo, Lorenzo Dalla Porta, venticinquesimo, e Lorenzo Petrarca, ventinovesimo. I ritirati di giornata sono Stefano Valtulini, Nicolò Bulega, Jakub Kornfeil e Fabio Spiranelli, caduti tutti nel corso del primo giro e delle prime curve, così come Maria Herrera, tornata però in pista e giunta al traguardo in ventottesima piazza.
