La prima giornata del Gran Premio del Giappone, disputatasi sul Twin Ring di Motegi dà per il momento ragione a Jorge Lorenzo (Movistar Yamaha MotoGP), autore del miglior crono (1’45.151) realizzato sinora. Sono molto vicini e competitivi sul passo gara anche Andrea Dovizioso (Ducati Team) e Maverick Viñales (Team Suzuki Ecstar), rispettivamente secondo e terzo.
Il numero 25, in particolar modo, migliora notevolmente tra il turno mattutino e quello pomeridiano. Marc Marquez (Repsol Honda Team), nonostante una scivolata avvenuta nelle fasi finali del turno, riesce a tornare immediatamente in azione e a far sua la quarta posizione. Cal Crutchlow (LCR Honda), giunto al traguardo in quinta piazza, è il primo tra i piloti muniti di moto privata, mentre alle sue spalle troviamo l’altro alfiere Suzuki, Aleix Espargaró. Settima piazza per Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP), che nel corso della FP2 si è lamentato di mancanza di agilità nei cambi di direzione. Danilo Petrucci (Octo Pramac Racing) è ottavo ed anticipa Dani Pedrosa (Repsol Honda Team), purtroppo vittima di un brutto high-side a 5 minuti dal termine. Sfortunatamente ne consegue la frattura della spalle destra, per la quale il numero 26 ripartirà il prima possibile e dovrà sottoporsi ad un intervento. Pol Espargaró (Monster Yamaha Tech3) completa la top 10, mentre alle sue spalle troviamo il duo Aprilia composto da Stefan Bradl ed Álvaro Bautista.
Molto sfortunato anche il pilota irlandese Eugene Laverty (Pull & Bear Aspar Team), tredicesimo e vittima di una brutta caduta nel corso degli ultimi minuti della FP2. Al momento è stato trasportato in ospedale per sottoporsi ad una TAC. Hector Barbera (Ducati Team), questa volta in sella alla Desmosedici GP16, è quattordicesimo e più rapido di Yonny Hernandez (Pull & Bear Aspar Team), quindicesimo. I rientranti Jack Miller (Estrella Galicia 0,0 – Marc VDS) e Bradley Smith (Monster Yamaha Tech3) giungono alla bandiera a scacchi rispettivamente in diciottesima e diciannovesima posizione.