Nel turno di qualifiche del GP del Giappone è Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP) a conquistare la pole position col crono di 1’43.954. Il numero 46, prendendo come riferimento Viñales davanti a lui, sigla il proprio miglior tempo nel corso del penultimo passaggio.
Seconda casella per Marc Marquez (Repsol Honda Team) che compie un errore nel primo giro tirato dopo il cambio gomme e deve abortire in parte il secondo tentativo per l’esposizione della bandiera gialla che ha seguito la caduta di Crutchlow. Jorge Lorenzo (Movistar Yamaha MotoGP), nonostante lo spavento preso in mattinata a seguito di un brutto high-side (per il quale è stato trasportato nell’ospedale locale per compiere accertamenti più accurati), riesce a tornare subito in pista, da prima per la FP4 e poi per la qualifica, nella quale ottiene la terza piazza e quindi la prima fila con un gap di poco più di due decimi e mezzo dalla pole position. Quarta posizione per Andrea Dovizioso (Ducati Team) che accusa poco più di tre decimi di ritardo dal crono di riferimento. Quinta piazza per Cal Crutchow (LCR Honda) nonostante la scivolata negli ultimi istanti a disposizione. Segue la coppia Suzuki, con Aleix Espargaró ad anticipare Maverick Viñales, in difficoltà in frenata. Hector Barbera (Ducati Team), in sella alla GP 16 di Andrea Iannone, è ottavo, mentre alle sue spalle troviamo Pol Espargaró (Monster Yamaha Tech3) e Danilo Petrucci (Octo Pramac Racing). I due piloti passati dalla Q1 (nella quale sono risultati i più rapidi), Scott Redding ed Álvaro Bautista (Aprila Racing Team Gresini) sono rispettivamente undicesimo e dodicesimo.
Stefan Bradl (Aprilia Racing Team Gresini) sfiora l’accesso al secondo turno di qualifica ma, anche a causa di una scivolata, resta in tredicesima posizione. Jack Miller (Estrella Galicia 0,0 Marc VDS) e Bradley Smith (Monster Yamaha Tech3), rientrati qui a Motegi dopo i rispettivi infortuni, chiudono la zona punti virtuale.
