È Johann Zarco ad ottenere la pole position sulla pista di Motegi grazie al crono di 1’49.961, nonostante una scivolata a sessione quasi conclusa. Il pilota d’oltralpe e campione del mondo è seguito poi da Thomas Luthi e Franco Morbidelli, rispettivamente secondo e terzo. Lo svizzero accusa soli 67 millesimi di ritardo, mentre tra il portacolori italiano ed il tempo di riferimento vi sono oltre tre decimi e mezzo.
Sam Lowes, nonostante qualche caduta di troppo nel corso del weekend, si qualifica in quarta piazza, anticipando un ottimo Sandro Cortese. Molto buona anche la qualifica di Axel Pons, sesto con il tempo di 1’50.501. Il pilota di casa, Takaaki Nakagami, è settimo e più rapido di Alex Marquez e Jonas Folger. La top 10 è poi completata da Mattia Pasini. In zona punti virtuale troviamo altri due piloti italiani, quali Simone Corsi e Lorenzo Baldassarri (caduto nelle prime fasi della sessione), rispettivamente tredicesimo e quattordicesimo. Prima e dopo di loro troviamo Marcel Schrotter, undicesimo, Hafizh Syahrin, dodicesimo, e Danny Kent, quindicesimo. Il contendente al titolo, Alex Rins, dolorante per la caduta di ieri, è solo ventiduesimo. Luca Marini, vittima di una caduta avvenuta qualche istante prima del suo team mate, è ventiduesimo.
