Seconda pole position stagionale per Andrea Dovizioso (Ducati Team) che a Sepang porta la GP16 in prima fila grazie al crono 2’11.485 e ad un ottimo ritmo mostrato sul bagnato. Le qualifiche infatti hanno luogo su di una pista ancora bagnata ma comunque in fase di asciugamento. I piloti della MotoGP vanno comunque alla ricerca del tempo secco con gomme da bagnato, e senza compiere cambi moto e gomme, fatta eccezione per il poleman che dopo un giro decide di rientrare e montare la mescola più dura.
Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP) agguanta a bandiera a scacchi già esposta il secondo miglior crono ed è attardato di 246 millesimi. Molto risicato (+0.56s) il distacco tra il numero 46 ed il suo compagno di squadra Jorge Lorenzo, terzo classificato che va a completare la prima fila dello schieramento. Marc Marquez (Repsol Honda Team), ieri fermo nel corso della FP2 a causa di problemi di salute, è primo nell’ultimo turno di prove libere ed in quarta piazza in qualifica; al suo fianco scatteranno il compagno di marca Cal Crutchlow (LCR Honda), primo nella Q1 e caduto all’inizio del secondo turno, salvo essere in grado poi di tornare in sella e conquistare la quinta posizione, ed Andrea Iannone (Ducati Team), appena tornato in azione a seguito dell’infortunio alla schiena che l’ha tenuto per qualche gara lontano dalla sue Desmosedici.
In terza fila troviamo Aleix Espargaró (Team Suzuki Ecstar), Maverick Viñales (Team Suzuki Ecstar) ed Álvaro Bautista, che consegna la nona piazza ad Aprilia e al Team Gresini. Loris Baz (Avintia Racing), rientrato in Q2 dopo esser passato dal turno precedente, nonostante una scivolata, completa la top 10, al di fuori della quale restano invece Pol Espargaró (Monster Yamaha Tech3) e Hector Barbera (Avintia Racing). Quinta fila per Bradely Smith (Monster Yamaha Tech3), Jack Miller (Estrella Galicia 0,0 Marc VDS) e Danilo Petrucci (Octo Pramac Racing). Stefan Bradl (Aprilia Racing Team Gresini) è sedicesimo.