Il miglior crono del venerdì nipponico viene siglato da Andrea Dovizioso (Ducati Team) ed è pari a 1’54.877. La prima giornata del Gran Premio del Giappone si svolge sul bagnato ed è in queste condizioni che Marc Marquez (Repsol Honda Team) si colloca in seconda posizione nonostante una caduta quasi al termine della seconda sessione.
Terzo miglior tempo per Aleix Espargaró (Aprilia Racing Team Gresini), molto rapido anche in mattinata e distaccato di poco più di un decimo e mezzo dalla vetta della classifica. Quarta posizione per Jorge Lorenzo (Ducati Team), dimostratosi abbastanza rapido sul tracciato di Motegi in sella alla GP17 ed in queste condizioni. Il numero 99 è stato anche incolpevolmente coinvolto in una collisione con Crutchlow nel corso della FP1. Fortunatamente entrambi ne sono usciti illesi o quasi, per il pilota ispanico si è trattato infatti solamente di una contusione alla mano sinistra. Johann Zarco (Monster Yamaha Tech3) porta l’unica Yamaha in top10 in quinta piazza, dando così le spalle a Danilo Petrucci (Octo Pramac Racing), Andrea Iannone (Ecstar Suzuki Team), Dani Pedrosa (Repsol Honda Team), Cal Crutchlow (LCR Honda) ed Alex Rins (Ecstar Suzuki Team). Buono dunque il primo step per la Suzuki che, momentaneamente, colloca entrambi i propri piloti in Q2.
Non va altrettanto bene alla coppia di piloti factory della Yamaha che si colloca in undicesima e dodicesima posizione, con Maverick Viñales ad anticipare Valentino Rossi. Troviamo poi il pilota wild card Kozane in sella alla M1 del Team Tech3, seguito a sua volta da Scott Redding (Octo Pramac Racing) e Karel Abraham (Pull & Bear Aspar Team).