In solo 24 millesimi di secondo si spalma la prima fila del Gran Premio della Malesia, il detentore della pole position è infatti Dani Pedrosa (Repsol Honda Team) che realizza il miglior crono del weekend pari a 1’59.212, ma gli si avvicinano notevolmente anche Johann Zarco (Monster Yamaha Tech3) ed Andrea Dovizioso (Ducati Team), attardati rispettivamente di 17 e 24 millesimi.
In seconda fila invece troviamo i piloti factory della Yamaha, con Valentino Rossi quarto ed ad anticipare il proprio team mate, Maverick Viñales. La sesta piazza è di Jorge Lorenzo (Ducati Team) che sopravanza sul finale Marc Marquez (Repsol Honda Team), scivolato ad inizio turno quando non aveva messo a segno alcun crono e tornato il più in fretta possibile ai box per salire in sella alla seconda moto. Il numero 93 scatterà dunque dalla settima casella e dalla terza fila, da dove daranno il via alla gara anche Alex Rins ed Andrea Iannone, entrambi in sella alla Suzuki. Il debuttante spagnolo qualche minuto prima era risultato essere il più rapido nella Q1. Cade a poco più di un minuto dal termine della qualifica (proprio quando si stava migliorando) Cal Crutchlow (LCR Honda), decimo alla bandiera a scacchi. Jack Miller (EG 0,o Marc VDS) si colloca in undicesima posizione, mentre Pol Espargaró (Red Bull KTM Factory Racing), nonostante una scivolata nel corso del primo turno di qualifica, riesce ad avere accesso alla seconda sessione e scatterà domani dalla dodicesima casella.
Chi invece non avanza in Q2 e non ha dunque la possibilità di migliorare la propria posizione in griglia è Danilo Petrucci (Octo Pramac Racing), seguito dal proprio compagno di squadra, Scott Redding, e da Álvaro Bautista (Pull&Bear Aspar Team). Michael van der Mark, sostituto di Jonas Folger (Monster Yamaha Tech3), prosegue il proprio apprendistato nella classe regina del Motomondiale, dove sta realizzando la propria prima esperienza, ed accusa dal miglior crono del primo turno di prove ufficiali poco più di due secondi.